Museet har til huse i den tidligere amerikanske hovedkvarter i baseområdet i Kangerlussuaq (B-1714).
Oprindeligt opført som transithotel af SAS i 1953, blev bygningen hurtigt overtaget af amerikanerne, der indrettede den til Base Headquarter. Basens primære rolle under den Kolde Krig var som forsyningslufthavn for de store radarstationer, som amerikanerne havde bygget i Grønland.
Dengang gik Kangerlussuaq under navnet Sondrestrom Air Base.
Da amerikanerne forlod Kangerlussuaq i begyndelsen af 1990’erne fik bygningen lov til at stå, som den var, og flere oprindelige interiører fra amerikanertiden er bevaret på museet. Det giver museet en helt særlig stemning og er i sig selv et museumsbesøg værd.